故事大纲聖杯:传说中可实现持有者一切愿望的宝物。而為了得到聖杯的儀式就被稱為聖杯戰爭。
參加聖杯戰爭的7名由圣杯选出的魔術師被稱為御主(マスター,英文Master),與7名被稱為从者(日文:サーヴァント;英文Servant)的使魔訂定契約。他们是由圣杯选择的七位英灵,被分为七个职阶,以使魔的身份被召唤出来。
能獲得聖杯的只有一組,這7組人馬各自為了成為最後的那一組而互相殘殺。
基本沒有學習魔術的才能的魔術師主角衛宮士郎,偶然地與从者中的劍士·Saber(セイバー)訂定契約,被捲入聖杯戰爭當中。 在遊戲版本中,隨著初期選擇的不同,後面劇情亦會出現極大改變,合共有3篇主章。